農委會與海委會公告保育類物種收錄 297 種         
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脊索動物門兩生綱Caudata有尾目Hynobiidae山椒魚科Hynobius arisanensis 阿里山山椒魚 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門兩生綱Caudata有尾目Hynobiidae山椒魚科Hynobius formosanus 臺灣山椒魚.. 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門兩生綱Caudata有尾目Hynobiidae山椒魚科Hynobius fuca 觀霧山椒魚 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門兩生綱Caudata有尾目Hynobiidae山椒魚科Hynobius glacialis 南湖山椒魚 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門兩生綱Caudata有尾目Hynobiidae山椒魚科Hynobius sonani 楚南氏山椒魚 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Rhacophoridae樹蛙科Rhacophorus arvalis 諸羅樹蛙 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Rhacophoridae樹蛙科Rhacophorus aurantiventris 橙腹樹蛙 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Rhacophoridae樹蛙科Rhacophorus prasinatus 翡翠樹蛙 農委會公告其他應予保育之野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Rhacophoridae樹蛙科Rhacophorus taipeianus 臺北樹蛙.. 農委會公告其他應予保育之野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Ranidae赤蛙科Babina okinavana 豎琴蛙 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Ranidae赤蛙科Hylarana taipehensis 臺北赤蛙.. 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門兩生綱Anura無尾目Ranidae赤蛙科Pelophylax fukienensis 金線蛙.. 農委會公告其他應予保育之野生動物 
刺胞動物門六放珊瑚綱Scleractinia石珊瑚目Siderastreidae絲珊瑚科Pseudosiderastrea formosa 福爾摩沙偽絲珊瑚 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
刺胞動物門六放珊瑚綱Scleractinia石珊瑚目Caryophylliidae葵珊瑚科Polycyathus chaishanensis 柴山多杯孔珊瑚 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門哺乳綱Artiodactyla偶蹄目Bovidae牛科Capricornis swinhoei 臺灣野山羊.. 農委會公告其他應予保育之野生動物 
脊索動物門哺乳綱Artiodactyla偶蹄目Cervidae鹿科Rusa unicolor swinhoii 臺灣水鹿.. 農委會公告其他應予保育之野生動物 
脊索動物門哺乳綱Rodentia嚙齒目Muridae鼠科Micromys minutus 巢鼠 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門哺乳綱Chiroptera翼手目Pteropodidae狐蝠科Pteropus dasymallus formosus 臺灣狐蝠.. 農委會公告瀕臨絕種野生動物 
脊索動物門哺乳綱Chiroptera翼手目Hipposideridae葉鼻蝠科Coelops frithii formosanus 臺灣無尾葉鼻蝠.. 農委會公告珍貴稀有野生動物 
脊索動物門哺乳綱Carnivora食肉目Ursidae熊科Ursus thibetanus formosanus 臺灣黑熊.. 農委會公告瀕臨絕種野生動物 

本表說明:農、海委會名錄包括全球範圍,國際物種部分參考華盛頓公約(CITES)第15、16次會員大會最新附錄修正。本表為其中TaiCoL資料庫已收錄的物種,包括依據野生動物保育法公告之陸海域野生保育類、依據文資保存法公告之珍貴稀有植物、依據漁業法公告禁止捕撈販賣及持有之水產動植物。
行政院農委會保育類野生動物名錄曾於103年7月2日、106年5月1日、108年1月9日調整,珍貴稀有植物於108年4月23日亦有更動。海委會109年4月28日公告修正海洋保育類野生動物名錄。