門中文	綱名	綱中文	目名	目中文	科名	科中文	學名	中文名	IUCN	CITES	台灣
脊索動物門	Actinopterygii	條鰭魚綱	Stomiiformes	巨口魚目	Stomiidae	巨口魚科	Astronesthes formosana	臺灣星衫魚..
脊索動物門	Amphibia	兩生綱	Anura	無尾目	Rhacophoridae	樹蛙科	Kurixalus wangi	王氏樹蛙
脊索動物門	Amphibia	兩生綱	Anura	無尾目	Rhacophoridae	樹蛙科	Kurixalus berylliniris	碧眼樹蛙
脊索動物門	Reptilia	爬蟲綱	Squamata	有鱗目	Typhlopidae	盲蛇科	Argyrophis koshunensis	恆春盲蛇..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Chodsigoa sodalis	細尾長尾鼩
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Chiroptera	翼手目	Vespertilionidae	蝙蝠科	Myotis soror	紅棕鼠耳蝠
脊索動物門	Myxini	盲鰻綱	Myxiniformes	盲鰻目	Myxinidae	盲鰻科	Rubicundus rubicundus	紅尾盲鰻..
維管束植物門	Lycopodiopsida	石松綱	Isoetales	水韭目	Isoetaceae	水韭科	Isoetes taiwanensis taiwanensis	臺灣水韭..
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Arecales	棕櫚目	Arecaceae	棕櫚科	Pinanga tashiroi	山檳榔
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Asparagales	天門冬目	Orchidaceae	蘭科	Cypripedium segawae	寶島喜普鞋蘭
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Zingiberales	薑目	Musaceae	芭蕉科	Musa insularimontana	蘭嶼芭蕉
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Celastrales	衛矛目	Celastraceae	衛矛科	Euonymus pallidifolia	淡綠葉衛矛
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Fagales	殼斗目	Fagaceae	殼斗科	Lithocarpus formosanus	臺灣石櫟..
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Laurales	樟目	Lauraceae	樟科	Cinnamomum kotoense	蘭嶼肉桂
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Fagales	殼斗目	Betulaceae	樺木科	Carpinus hebestroma	太魯閣千金榆
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Sapindales	無患子目	Rutaceae	芸香科	Citrus taiwanica	南庄橙
維管束植物門	Magnoliopsida	木蘭綱	Ericales	杜鵑花目	Theaceae	茶科	Pyrenaria buisanensis	武威山烏皮茶
節肢動物門	Malacostraca	軟甲綱	Decapoda	十足目	Potamidae	溪蟹科	Geothelphusa lanyu	蘭嶼澤蟹
節肢動物門	Malacostraca	軟甲綱	Decapoda	十足目	Potamidae	溪蟹科	Geothelphusa lutao	綠島澤蟹
脊索動物門	Amphibia	兩生綱	Caudata	有尾目	Hynobiidae	山椒魚科	Hynobius glacialis	南湖山椒魚..