門中文	綱名	綱中文	目名	目中文	科名	科中文	學名	中文名	IUCN	CITES	台灣
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Muridae	鼠科	Apodemus semotus	臺灣森鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Muridae	鼠科	Niviventer coninga	臺灣刺鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Muridae	鼠科	Niviventer culturatus	高山白腹鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Belomys pearsonii kaleensis	小鼯鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Callosciurus erythraeus thaiwanensis	赤腹松鼠
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Dremomys pernyi owstoni	長吻松鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Petaurista alborufus lena	白面鼯鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Petaurista philippensis grandis	大赤鼯鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Rodentia	嚙齒目	Sciuridae	松鼠科	Tamiops maritimus formosanus	條紋松鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Anourosorex yamashinai	短尾鼩..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Chodsigoa sodalis	細尾長尾鼩
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Crocidura rapax kurodai	臺灣長尾麝鼩..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Crocidura rapax lutaoensis	綠島長尾麝鼩
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Crocidura rapax tadae	蘭嶼長尾麝鼩
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Crocidura shantungensis hosletti	荷氏小麝鼩..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Crocidura tanakae	臺灣灰麝鼩..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Soricidae	尖鼠科	Episoriculus fumidus	臺灣長尾鼩..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Talpidae	鼴鼠科	Mogera insularis insularis	臺灣鼴鼠..
脊索動物門	Mammalia	哺乳綱	Soricomorpha	鼩形目	Talpidae	鼴鼠科	Mogera kanoana	鹿野氏鼴鼠..
脊索動物門	Myxini	盲鰻綱	Myxiniformes	盲鰻目	Myxinidae	盲鰻科	Eptatretus cheni	陳氏黏盲鰻..